"Em que pese..."

Qual das duas frases abaixo está correta?

Em que pesem as afirmações do governo, vê-se que o Brasil está bem conduzido.

Em que pese às afirmações do governo, vê-se que o Brasil está bem conduzido.

Tudo depende do significado que se queira dar ao ver "pesar". "Pesar" é um verbo polissêmico, por isso haverá mais de uma construção possível.

Se "pesar" for entendido por "influenciar", "ter peso", "ter importância", então ele deverá concordar com seu sujeito. Por exemplo:

Em que pesem as reflexões dos sócios, a empresa deverá tomar sua decisão em breve.

Mas o verbo "pesar" também tem o significado de "provocar sentimento de tristeza", "causar desgosto". Nesse caso, ele tem um sentido moral e passa a ser transitivo indireto. Se for utilizado na expressão "em que pese", deve ser entendido como "em que [isto] pese a algúem". Assim, o correto será dizer:

Em que pese aos trabalhadores, a empresa não dará aumento salarial.
Em que pese às funcionárias, a empresa não dará aumento salarial.

Note-se, portanto, que são duas expressões distintas, que têm igualmente significados distintos.